Stan Math Library  2.20.0
reverse mode automatic differentiation
factor_cov_matrix.hpp
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1 #ifndef STAN_MATH_PRIM_MAT_FUN_FACTOR_COV_MATRIX_HPP
2 #define STAN_MATH_PRIM_MAT_FUN_FACTOR_COV_MATRIX_HPP
3 
6 #include <cstddef>
7 
8 namespace stan {
9 namespace math {
10 
23 template <typename T>
25  const Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic>& Sigma,
26  Eigen::Array<T, Eigen::Dynamic, 1>& CPCs,
27  Eigen::Array<T, Eigen::Dynamic, 1>& sds) {
28  size_t K = sds.rows();
29 
30  sds = Sigma.diagonal().array();
31  if ((sds <= 0.0).any())
32  return false;
33  sds = sds.sqrt();
34 
35  Eigen::DiagonalMatrix<T, Eigen::Dynamic> D(K);
36  D.diagonal() = sds.inverse();
37  sds = sds.log(); // now unbounded
38 
39  Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> R = D * Sigma * D;
40  // to hopefully prevent pivoting due to floating point error
41  R.diagonal().setOnes();
42  Eigen::LDLT<Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> > ldlt;
43  ldlt = R.ldlt();
44  if (!ldlt.isPositive())
45  return false;
46  Eigen::Matrix<T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> U = ldlt.matrixU();
47  factor_U(U, CPCs);
48  return true;
49 }
50 
51 } // namespace math
52 
53 } // namespace stan
54 
55 #endif
bool factor_cov_matrix(const Eigen::Matrix< T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic > &Sigma, Eigen::Array< T, Eigen::Dynamic, 1 > &CPCs, Eigen::Array< T, Eigen::Dynamic, 1 > &sds)
This function is intended to make starting values, given a covariance matrix Sigma.
void factor_U(const Eigen::Matrix< T, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic > &U, Eigen::Array< T, Eigen::Dynamic, 1 > &CPCs)
This function is intended to make starting values, given a unit upper-triangular matrix U such that U...
Definition: factor_U.hpp:22

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